Le lis est une plante originaire de l’hémisphère nord. Dans la nature, il pousse aussi bien en Asie, en Europe qu’en Amérique. Dans les pays du nord comme la Corée, le Japon et certaines parties de la Sibérie, mais aussi près de l’équateur, en Inde. En ce qui concerne l’Europe, le lis est indigène dans le Caucase, les Balkans, la Grèce, la Pologne, les Alpes et les Pyrénées. Il pousse aussi à l’état sauvage dans la plupart des Etats américains, à l’exception du quart sud-ouest.
Le lis pousse aussi bien au niveau de la mer qu’en altitude, jusqu’à plus de 3000 mètres. Dans ce dernier cas, il s’agira de plantes basses, jusqu’à environ 30 cm, présentant une tige avec fleur unique. Certains lis possèdent une région de répartition vaste. C’est ainsi que le L. martagon pousse de la Sibérie jusqu’aux Balkans. Par contre, le L. regale a été découvert en 1903 sur les flancs abrupts d’une petite vallée isolée dans la province chinoise du Setchouan et il ne pousse nulle part ailleurs. En ce moment, on dénombre environ 100 variétés différentes.